Kвалитетот на водата на Охридско Езеро е на задоволително ниво, а за Преспанско Езеро се преземаат мерки за подобрување на водата, стои, како главна теза, во иницијалниот извештај за карактеризација на Преспанско, Охридско и Скадарско Езеро, подготвен во согласност со Рамковната директива за води на ЕУ.
Извештајот е изработен за две години и е во рамките на проектот на Германското друштво за меѓународна соработка (ГИЗ) за регионална конзервација и одржлива употреба на биодиверзитетот на Охридско, Преспанско и Скадарско Езеро. За негова реализација потрошени се околу два милиона евра.
