Најголемиот проблeм во врска со човековите права и практики, произлегува од широкоприсутната корупција и неуспехот на Владата во целост да го почитува владеењето на правото, вклучувајќи ги тука и континуираните напори за ограничување на слободата на медиумите, мешањето во судството и попречување на работата на Специјалното јавно обвинителство, како и селективната примена на правдата. Политичкото вмешување, неефикасноста, фаворизирањето на одредени луѓе на добри позиции, одолжувањето на судските процеси, нарушувањето на правото на јавно судење и корупцијата се карактеристики на правосудниот систем.

Тоа се дел од главните заклучоци на најновиот извештај на Стејт департментот за состојбата на човековите права во Македонија во 2016 година.

Во него се споменуваат и физичките малтретирања на притвореници и на затвореници од страна на полицијата и затворските чувари, како и отежнатиот пристап до правен застапник, ограничување на правото на Ромите да патуваат надвор од земјата и да имаат пристап до здравствена грижа загарантирана со Уставот, како и намалувањето на превенцијата од трговија со луѓе и заштитата на таквите жртви, како и дискриминацијата на лицата со попреченост. Како мошне сериозни проблеми се наведени и институционалната и општествената дискриминација на Ромите и другите етнички малцинства, како и на припадниците на ЛГБТИ-заедницата.