Мермерни карпи стари милијарди години и уникатна флора и фауна се богатствата кои ги чува кањонот Матка. Кошаниновата темјанушка, велигденчето, наталиева рамонда, рибарчето… се само дел од видовите кои се сретнуваат само во овој предел или само во овој дел од светот.
Нацрт-законот за прогласување на Матка како споменик на природата предвидува богатството на кањонот да се заштити со четири зони на заштита, а за зоната со најстрога заштита е предвиден и постојан мониторинг и чуварска служба. Предвидено е управувањето да го вршат Градот Скопје заедно со Општината Сарај, а по донесувањето на законот ќе мора да се изготви и План за управување.
Во делот со најстрога заштита влегуваат 36 отсто од територијата на Матка, односно областите Козјак, Добрашија, Матка – Врело и Плоча. На зоната за активно управување отпаѓа над 50 отсто, во делот за одржливо користење спаѓаат 10 отсто од површината, а остатокот во заштитниот појас. Во зоната за строга заштита законот ги забранува сите активности со кои се загрозуваат природните вредности и рамнотежа и во неа ќе мора да се озбедбеди постојан мониторинг. Со дозвола ќе може да се вршат научно-истражувачки работи.
„Матка има извонредни геолошки и биолошки вредности, стари мермерни карпи со остатоци од раседи и пукнатини, стари со милијарди години, пештери, ендемични растенија, ретки птици, пеперутки.. заради кои мора да се обезбеди вистинска заштита“, истакна професорот Ивица Милевски на јавната расправа за Нацрт законот што ја организираше Министерството за животна средина.
Во зоната за активно управување во која се наоѓа и пештерата Врело, една од трите најдлабоки во Европа и единствената од сите пештери на Матка што е отворена за туристи, законот дозволува активности кои немаат негативно влијание врз природата, како што се еколошкиот туризам и традиционалното земјоделство. Во зоната за одржливо користење, пак, влегуваат селата и земјоделските површини, инфраструктурните објекти, црквите, како и рекреативниот појас долж езерото „Матка“.
Документот предвидува дека Градот Скопје и Општина Сарај треба да обезбедат ефикасно управување со споменикот на природата, да формираат Совет на засегнати страни и Научен Совет, како и да организираат чуварска служба.
Кањонот Матка е вклучен во Националната Емералд мрежа на подрачја од посебен интерес за зачувување на Европската Унија, а бројните видови од Кањонот Матка се вклучени на прилозите на Директивата за зачувување на природните живеалишта на дивата флора и фауна. Во изминатите години локалитетот е без управувач, што пак резултираше со узурпација, изградба на дивоградби и платформи во езерото, како и користење моторни чамци во водата.
