Религиските групи во Македонија тврдат дека владата ја фаворизира Македонската православна црква – Охридска архиепископија, стои во годишниот извештај верските слободи во Македонија за 2016 година.
Во извештајот се наведува дека Уставот на Македонија забранува верска дискриминација и ја гарантира верската слобода и верското изразување, но и дека само пет верски заедници се наведени во Уставот. Останатите треба мора да се регистрираат и да видат одобрени од судот
„Судот задолжен за регистрирање верски заедници одбил една апликација, прифатил друга, а за две се уште нема одлучено“, стои во извештајот и се наведува дека е одбиена апликацијата регистрирање на муслиманската заедница Бектеши од Тетово и дека Исламската верска заедница (ИВЗ) се жали дека владата продолжува нелегално да ги прислушува нејзините лидери. Стејт департментот наведува дека помалите регистрирани верски заедници и цркви кои не се вметнати во Уставот, се жалат дека владата нема ист третман кон нив.
Граѓанските организации, како што е Хелсиншкиот комитет и помалите религиски групи, тврдат дека владата се меша ви верските прашања и дека честопати ја политизира религијата, стои во извештајот, а како пример се наведува присуството на техничкиот премиер Емил Димитриев, министри, градоначалници и членови на тогашната владејачка пратија ВМРО-ДПМНЕ на поставување камен темелник на новата црква во Железара, како и поставувањето на крстот во Бутел.
Во извештајот се споменува дека црквите и џамиите често се мета на грабежи, а се споменува и антисемитизмот на новинарот Миленко Неделковски, искажан на социјалните мрежи.
